吸收是指機體從環境中攝取營養物質到體內的過程。單細胞動物直接從生活的環境中攝取營養物質；多細胞動物消化管腔內各種食物的消化產物和水分、鹽類等物質通過消化道上皮細胞進入血液和淋巴的過程，以及脊椎動物腎小管中的物質重新轉運到血液，都屬于吸收。吸收有被動擴散、易化擴散、主動轉運和內吞等多種方式，但都是為了供應機體營養和保持機體內環境的恒定。

物質在進入體內經由口腔和胃腸道的酶消化之后，絕大部分在小腸被吸收。其中糖類、蛋白質和脂肪的消化產物大部分是在十二指腸和空腸吸收的。回腸有其獨特的功能，即主動吸收膽鹽和維生素B12，大腸主要吸收水分和鹽類。一般認為，結腸可吸收進入其內的80%的水和90%的Na+和Cl-。

對于糖類物質，一般認為只有分解為分子量比較小的糖，才能被小腸上皮細胞所吸收。各種小分子量糖的吸收速率有很大差別，單糖和雙糖的吸收很快，而戊糖則很慢。對于小分子量糖的吸收是消耗能量的主動過程，它可逆著濃度差進行，屬于繼發性主動轉運。在腸黏膜上皮細胞的紋狀緣上存在著一種轉運體蛋白，它能有選擇性地把糖從紋狀的腸腔面運入細胞內，然后再擴散入血。各種小分子量糖與轉運體蛋白的親和力不同，從而導致吸收的速率也不同。轉運體蛋白在轉運單糖的同時，需要鈉的存在。一般認為，一個轉運體蛋白可與兩個Na+和一個葡萄糖分子結合。由此可見，鈉對單糖的主動轉運是必需的。

哺乳動物產生的內源性消化碳水化合物的酶(主要是唾液淀粉酶、胰淀粉酶)對碳水化合物的消化主要限制于α-1，4糖苷鍵，而對其他類型的糖苷鍵不能分解或分解能力較弱。殼寡糖是由N-乙酰-D-葡萄糖胺以β-1，4-糖苷鍵結合而成的寡糖，不能被大多數的哺乳動物消化酶降解。但是殼寡糖的水溶性大于99％，主要在小腸以被動擴散的方式透過小腸上皮細胞的間隙進入體內被吸收，從而到達身體的各個部位，發揮其生理功能。

研究發現，殼寡糖的吸收與殼寡糖分子量緊密相關，分子量越大的殼寡糖穿過上皮細胞間隙時越困難。通過體內和體外的實驗證明，殼寡糖隨著分子量的升高，吸收的效率降低，并且觀察到分子量為3.8KDa的殼寡糖比分子量為230KDa的可溶性殼聚糖吸收效率提高了23倍～25倍。

研究者以實驗小鼠為動物模型，檢測4種不同分子量的殼聚糖在動物體內的分布。結果顯示在小鼠的肝、腎、脾、心臟、胸腺中都檢測到了經FITC標記的殼聚/寡糖，相比高分子量的殼聚糖（HCS）、中分子量殼聚糖(MCS)和水溶性殼聚糖(WSC)，殼寡糖在組織中的殘留很少，猜測可能是由于殼寡糖的分子量較低，在胃中少量幾丁質酶的作用下進一步被降解為更小的分子，被機體吸收，而不在組織中積聚。通過對小鼠灌服聚合度分別為2～5的殼寡糖單體表明，殼二糖和殼三糖的吸收效果良好，灌服30分鐘后在血漿中出現最大濃度；而殼四糖和殼五糖在灌服30分鐘后只能在血漿中檢測到較低的濃度。

殼寡糖口服后很快進入血液，并且血液中監測殼寡糖的量在1小時內即可達到最高值。而對于可溶性殼聚糖來說，由于其分子量要高于殼寡糖分子，因此在血液中所能達到的最大血藥濃度要小于殼寡糖，并且達到最大血藥濃度的時間也比殼寡糖要有所推后。殼寡糖進入體內后迅速進入各個器官中，其中在肝臟中的濃度較其他組織中要高。在腎臟、脾臟、肺、淋巴等器官中也都發現有殼寡糖的分布。這也是殼寡糖在機體內產生諸多的生理活性的基本前提。